环境保护检查的主要内容包括以下几个方面：
水质监控和污水处理：
检查污水处理设施的运行状态、历史运行情况、处理能力及处理水量、废水的分质管理、处理效果、污泥处理、处置及回收情况。
大气污染监测：
检查企业是否符合国家和地方的大气污染控制标准，排污许可证是否在有效期内，是否有对应的废气治理设备，以及是否进行废气监测等。
土壤质量监测和污染治理：
检查土壤污染情况，企业是否按照国家和地方的规定妥善处理固体废物和危险废物，是否存在非法倾倒和乱排现象。
垃圾处理和废品回收利用：
检查垃圾处理设施的运行状态、历史运行情况、处理能力及处理量，废品回收利用情况。
生态保护和物种保护：
检查自然保护区、畜禽养殖污染防治等生态和农村环境保护法律法规执行情况。
环境影响评价和资源保护：
检查企业是否依法取得环境影响评价文件、环保验收文件、排污许可证等许可、备案文件，对企业内所有环评、排污履行情况进行排查。
环境安全和环境应急处理：
检查应急预案编、评、备、落实情况，附应急演练的情况文字、图片及相关资料和应急物资储备情况。
环境管理和环境法律法规执行：
检查环境保护法律、法规、规章和其他规范性文件的执行情况，检查污染源的污染物排放情况、污染防治设施运行情况、环境保护行政许可执行情况、建设项目环境保护法律法规的执行情况等。
绿色生产和循环经济：
检查企业是否采用环保技术和设备，是否落实节能减排和低碳发展措施。
其他环境检测：
包括水质检测、土壤检测、气体检测等，具体检测项目包括色度、值、电导率、总硬度、硫酸盐、氯化物、氟化物、铅汞铜等金属指标，以及耗氧量、生化需氧量、总有机碳等有机物综合指标。
建议企业应重视环保检查，确保各项环保措施落实到位，避免因环保问题导致法律责任和经济损失。同时，政府部门也应加强监管力度，确保环境保护法律法规得到有效执行。