短款赔款的会计处理方式如下：
记入“其他应收款”科目
如果短款是由于记账差错导致的，应及时更正，并将短款金额记入“其他应收款”科目，待查明原因后再进行相应处理。
如果短款无法查明原因或由出纳人员失职造成，由出纳人员赔偿，也记入“其他应收款”科目。
记入“营业外支出”科目
如果短款是由于非常损失造成的，则应转入“营业外支出”科目。
记入“管理费用”科目
对于无法查明原因的短款，经批准后应计入“管理费用”科目。
记入“待处理财产损溢”科目
现金长短款在未查明原因之前，应先记入“待处理财产损溢”科目，待查明原因后，再转入有关科目。
综上所述，短款赔款的会计处理取决于短款的具体原因和是否已查明原因。如果短款是由出纳人员失职或非常损失造成，则记入“其他应收款”或“营业外支出”科目；如果短款无法查明原因，则先记入“待处理财产损溢”科目，再转入“管理费用”科目。