商铺合同的作废可以通过以下几种方式：
双方协商一致作废
合同双方可以签订一份终止原合同的协议，约定终止事由及善后事项，双方签字即生效，原合同失效。
约定解除
当事人可以约定一方解除合同的条件，条件发生时，解除权人可以解除合同。
法定解除
出现不可抗力、一方明示违约等法定或约定的解除事由时，解除权人可以解除合同。
合同条款废止
合同双方可以写个关于合同作废情况说明，约定原来签定的合同条款废止，并对废止后的合同中未履行和已经履行的内容做出妥善安排，双方签字并共同监督销毁合同原件。
签订新的合同
双方可以签订一份新合同，并在新合同中约定原合同作废。
销毁合同原件
将合同原件全部收齐，在合同签约各方的共同监督下销毁。
书面承诺作废
合同的各方分别向其他几方书面承诺合同作废，并订立补充协议。
加盖作废章
在合同上加盖作废章，作为合同作废的凭证。
无论采取哪种方式，合同作废后，当事人应当履行通知、协助、保密等随附义务，并根据履行情况和合同性质，请求恢复原状或采取其他补救措施，并有权要求赔偿损失。建议在作废合同时，务必确保所有相关事项得到妥善处理，并保存好相关证据，以防日后纠纷。