员工旷工离职时，用人单位可以按照以下方式扣除工资：
基本工资扣除
旷工期间的工资通常会被全额扣除。
正常出勤的工资则按照实际出勤天数和月薪进行计算。
绩效工资扣除
旷工期间可能会影响员工的绩效奖金，企业会根据实际情况进行适当扣除。
其他福利待遇扣除
包括带薪年假、带薪病假、社保公积金等福利，员工在旷工期间失去的这些福利待遇，企业会根据规定进行相应扣除。
赔偿经济损失
如果旷工给用人单位造成了损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，赔偿金额可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
扣除上限
每月扣除的工资总额不得超过员工当月工资的20%。
若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
规章制度
具体的扣款比例和方式需参照公司的内部规章制度和劳动合同约定，确保扣款行为的合法性和合理性。
告知义务
企业应向员工明确告知具体的扣款项目和标准，确保员工知情权得到保障。
综上所述，用人单位在处理旷工离职员工工资时，应严格遵循相关法律法规和公司规章制度，确保扣款行为的合法性、合理性和公平性。同时，企业也应尽量通过明确的规定和透明的流程，保障员工的知情权和合法权益。